Para realizar consultas, o GNDI oferece, ainda, opções de Centros Clínicos em Sorocaba. Com certificação ONA Nível 3 (Excelência), o Centro Clínico Itavuvu realiza pequenas cirurgias, faz a inserção de DIU de cobre e hormonal (Mirena), conta com pediatria, geriatria e obstetrícia, entre outras especialidades para atender aos mais variados públicos.
Com nove especialidades, o Centro Clínico Modelo realiza, principalmente, atendimento pediátrico. Já o Centro Clínico Penha se diferencia por atender 12 especialidades de avaliação cirúrgica, além de angiologia, mastologia adulto e infantil, ortopedia e traumatologia, patologia do trato genital inferior (PTGI) e angiologia.
Os moradores ainda têm acesso ao Centro Clínico Rodrigues Pacheco, que entre as suas especialidades conta com cardiologia pediátrica, endocrinologia, ginecologia adulto e infantil, mastologia adulto e infantil, e inserção de DIU de Cobre. O Centro Clínico Trujillo I, por sua vez, oferece especialistas de otorrinolaringologia cirúrgico e clínico para adultos e crianças, hematologista, neurologia, psicologia e psiquiatria. Por fim, o Centro Clínico Trujillo II tem cardiologia e endocrinologia, além de procedimentos de enfermagem, incluindo curativos.